第二種意見認為，應當區分土地征收、征用補償費用的性質，其中，由村委會協助人民政府管理、發放給村民的部分，屬于公共財物，非法占為己有構成貪污；本應歸屬村委會集體所有的部分，屬于村集體財物，非法占為己有構成職務侵占。

理由如下：土地征收、征用補償費用的管理，情況比較復雜，主要指國家征用土地后，對所發放的土地補償費、地上附著物和青苗補償費的管理。《中華人民共和國土地管理法實施條例》規定，地上附著物及青苗補償費歸地上附著物及青苗的所有者所有。基層組織協助人民政府將這部分款項發放給土地承包人，顯然屬于從事公務。但是，土地補償費是村集體財產還是公款，對該款的管理、發放是村內自治事務還是從事公務，存在一定爭議，實踐中需根據不同情況判斷。

首先，代政府發放給土地承包人的情況。國土資源部《關于完善征地補償安置制度的指導意見》規定，“按照土地補償費主要用于被征地農戶的原則，土地補償費應在農村集體經濟組織內部合理分配。具體分配辦法由省級人民政府制定”。此后，不少省級人民政府以地方政府規章等形式明文規定，應將70%至90%的農用地土地補償費支付給被征地農民，剩余部分歸村集體使用。據此，村基層組織依照人民政府的規定，將土地補償費發放給被征地農民的，應當認定為從事公務。

需要注意的是，在此情況下，即使相關補償費被撥入村委會賬戶，也仍屬村委會代為管理的公款，村委會人員協助政府進行管理的職責并未結束，其進行的發放工作仍屬協助政府從事公務，在此過程中將公款非法占有的，應當認定為貪污。

其次，應歸屬村集體的情況。其中，一是土地補償費留給村集體使用的部分。這部分費用，經村民大會討論表決，并由村集體予以提留，即成為村集體財產。例如，按照有關規定，土地補償費按80%給被征地農戶的標準扣除后，村集體提留的剩余20%，即為村集體財產。村基層組織人員侵吞村集體所有的資金，應以職務侵占性質認定。二是農用地以外的其他土地的補償費用。農村集體土地情況比較復雜，可分為農用地、建設用地、公用地、未利用地等。征用公用地、生產路、村上便道、未利用地等土地后發放給村集體的土地補償費，屬于村集體財產，行為人非法占有這部分錢款，也應以職務侵占性質認定。

在所舉案例中，南水北調工程永久用地補償費系因村集體土地被國家征用而支付的補償費用，但對具體是何種集體土地，案例中交代不十分清晰。如果這些土地是已被農民家庭承包的農用地，村基層組織代為管理補償費和發放給農戶，則應當認定為公款，村基層組織人員管理、發放行為屬于從事公務，將公款非法占有則構成貪污。但是，如果這些土地是村集體用地抑或其他未利用地，則這些款項本應屬于村集體所有，性質上不是公款，將這些款項非法占有，應構成職務侵占。

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